针灸研究所依托国家中医药管理局重点学科、国家临床重点专科、国家中医药管理局重点专科、浙江省重点建设高校优势特色学科和浙江省中医药重点学科，是一所集科研、临床、教学为一体的校级科研机构。主要研究方向为针灸镇痛与免疫调节相关性研究、针灸防治脑血管疾病的临床与基础研究、经穴脏腑相关研究、新型智能针灸治疗设备研发应用基础研究。基础实验室被认定为浙江省针灸神经病学重点实验室、国家中医药管理局“针灸神经生物学”三级实验室。临床设有国家中医药优势学科继续教育基地、浙江省针灸推拿国际培训中心等，为省针灸专业人才培养实践基地。

研究所系统研究针灸镇痛的效应原理，从信号转导机制和神经环路等领域阐述针灸镇痛的生物学基础。先后获得各级科技奖励70余项，其中省部级以上科技奖励23项。近五年，承担国家自然科学基金项目17项，省部级科研项目14项，科研项目经费800余万元；在国际知名杂志PNAS等发表SCI论文40余篇；发明专利授权30余项。

研究所秉承中医针灸特色优势，注重中西医学汇通融合，不断推进国际交流与合作，与杜克大学医学院、美国德州大学医学院等国外高校医学院都建立了不同层次的合作关系。在“一带一路”倡议指导下，不断推进科研项目合作，进一步促进中医针灸的技术与文化的传播，提升针灸的国际影响力。