动物实验研究中心位于滨文校区13号楼，拥有标准化动物实验设施3550m2。是浙江省新药创制科技服务平台药效学子平台、浙江省实验动物公共服务平台动物实验基地和浙江省医学实验动物与动物实验培训基地。下设屏障实验室、普通实验室和诊断实验室，依托中心建有比较医学研究所。中心拥有动物实验仪器设备总值3000余万元，专职实验技术人员34人。

  动物实验研究中心管理体系完善，分别通过国际AAALAC组织认证、中国合格评定国家认可委员会（CNAS）认可和浙江省检验检测机构资质认定（CMA）。

屏障实验室

  配备小动物生理信号遥测系统、小动物活体成像系统、小动物超声影像系统、小动物清醒状态肺功能仪、激光多普勒血流监测系统、麻醉呼吸机、手术显微镜、无创尾动脉测血压系统等仪器设备，以及Morris水迷宫等全套行为学实验的仪器。

可提供大小鼠饲养及各种实验操作、动物实验项目、药品及医疗器械质量检测与生物学评价、转基因小鼠生物净化等服务。

普通实验室

  配备大动物无创生理信号遥测系统、高频移动式C形臂X射线机、血气分析仪、气体麻醉呼吸机、电磁流量仪、心外膜电图仪、热原仪、自动乳化器等仪器设备。

  可提供普通级小型猪、Beagle犬、实验兔和豚鼠的饲养及各种实验操作、动物实验项目、药品及医疗器械质量检测与生物学评价、医疗器械有效性评价、抗体制备等服务。

诊断实验室

  配备全自动血液分析仪、全自动生化分析仪、全自动血流变分析仪、全自动血凝仪、双色红外激光成像系统、液相悬浮芯片系统、荧光倒置显微镜、细胞计数仪、离体实验装置等血液生化检验、分子生物学和细胞实验等仪器设备。

可提供实验动物血液生化检测、转基因动物基因型鉴定、病原微生物检测、体外实验等服务。