中医临床基础（中医风湿病）研究所是一家集临床、科研、教学为一体的校级科研机构，主要开展中医临床经典理论与传承、中医药对风湿免疫病的治疗方案及临床评价、中医药对风湿免疫病的治疗机制及证候生物学特征以及中医药对风湿免疫病新产品开发等研究。仪器设备总值3000余万元，建有生物信息学、生物化学、分子病理学、细胞生物学、基因组学、转录组学、蛋白组学及代谢组学等功能的系统生物学实验室。研究所依托国家重点学科、国家中医药管理局重点学科、浙江省一流学科，获评国家中医药管理局协同创新中心、国家中医药管理局重点研究室、国家中医药管理局科研三级实验室、浙江省重点实验室、浙江省2011协同创新中心。

    近年来，承担国家重点基础研究发展计划（“973”计划项目）1项，国家科技支撑计划项目2项，国家公益性行业专项项目2项，及国家自然基金项目等国家级课题35项。获国家科技进步奖及教学成果二等奖2项，省部级奖项4项（省科学技术进步一等奖2项）；发表SCI论文60余篇（IF>5.0以上SCI论文10篇），专利授权12项（其中美国国家专利1项），出版国家级教材3部，专著10余部。